وعلى إثر ذلك، تعرض الشيخ محمد بدوي لأزمة نفسية أثناء عودته لمنزله وتأثر بشدة بالواقعة وحاول عدد من الأهالي تقديم الاعتذار له عن الواقعة المؤسفة إلا أنه لم تمر سوى ساعات قليلة وتوفي إثر إصابته بأزمة قلبية جراء الواقعة.
وبحسب أحد أقارب الشيخ، ذهب الأهالي إلى منزله لترضيته، فقابلهم وقال لهم: “لم أبك لسبابى ولكنه لسب الدين في بيت الله”.
وأضاف: “كان حزينا ومنهارا وظهر عليه الإعياء الشديد، وأمنا في صلاة العصر، لكنه سقط في الركعة الاخيرة وقمنا بنقله إلى المستشفى”.
وأكد ابن عم الشيخ محمد أنه توفى داخل المستشفى بسبب توقف عضلة القلب، مطالبا باستمرار دار تخفيط القرآن التي يملكها الشيخ وزوجته في العمل، لتتمكن من الإنفاق على أبنائها الثلاثة.